Jest to moc lub energia, którą ninja potrzebuje do stworzenia technik. Prawdopodobnie to najbardziej ważny element w walce dla shinobi. Dzielimy ją na dwie główne części: energię ciała i energię duchową. Ta pierwsza potrafi zakryć wszystkie komórki w twoim ciele. Szybsze komórki poruszają się z większością energii, którą posiadasz. Zapewnia ona siłę dla umysłu ninja. Energia duchowa jest czasami nabywana w walce. Gdy shinobi użyje zbyt dużo tej energii, staje się bardzo zmęczony.

                                                           Kontrolowanie chakry
                                               


                          Kontrola chakry podczas bitwy jest jedną z najważniejszych aspektów w walce. Kolejną ważną częścią jest możliwość budowania chakry do wykonania technik. To konieczne, jeśli chcesz wykonać genjutsu lub ninjutsu. Siła żywotna gra również dużą część w tym. Musisz ją włożyć do powstającej chakry. Kiedy wykonujesz technikę, musisz nie tylko uwolnić chakrę, ale też siłę żywotną. Jeśli użyjesz jej za dużo, może się to skończyć licznymi obrażeniami lub zabiciem siebie. Ninja musi posiadać w sobie pewną ilość chakry.                                     
                                                               System obiegowy
                                               
Tak jak system obiegowy w twoim ciele transportuje krew, tak u ninja transportuje chakrę. Jest ona uwalniana podczas "podróżowania" przez system i wydawana na zewnątrz. Ten system posiada wiele ważnych narządów. Kiedy system obiegowy jest atakowany, narządy mogą zostać zniszczone. Znajduje się tu 361 otworów chakry. Te otwory znane są jako Tenketsu. Kiedy są one zablokowane, nie możesz wykonywać żadnych technik.
                                                 

                                                                 Bramy chakry
Są one bramami w ciele, które są używane w ostateczności. Regulują zwiększony przepływ chakry po całym ciele osoby, która jest pod ich wpływem. Wzrasta też siła tej osoby, która może sprawić, że może zostać mocno zraniona. W organizmie jest 8 bram. Jeżeli wszystkie zostaną otwarte może zabić tą osobę.
                                                   
                                                                    Typy chakry
Jest 5 rodzajów chakry: ogień, woda, ziemia, wiatr i światłość. Klan Uchiha słynie z ognistego typu, jednak Sasuke używa dodatkowo światłości. Kakashi ma również typ światłości. Naruto posiada tym wiatru. Większość jouninów potrafi użyć 2 rodzajów chakry naraz.